Talvez seu mouse requeira que uma propriedade diferente seja definida. Por favor, tente o seguinte:
Encontre seu ID de mouse (o meu é 10 abaixo):
$ xinput list
⎡ Virtual core pointer id=2 [master pointer (3)]
⎜ ↳ Virtual core XTEST pointer id=4 [slave pointer (2)]
⎜ ↳ Logitech USB-PS/2 Optical Mouse id=10 [slave pointer (2)]
⎣ Virtual core keyboard id=3 [master keyboard (2)]
↳ Virtual core XTEST keyboard id=5 [slave keyboard (3)]
↳ Power Button id=6 [slave keyboard (3)]
↳ Power Button id=7 [slave keyboard (3)]
↳ USB Keyboard id=8 [slave keyboard (3)]
↳ USB Keyboard id=9 [slave keyboard (3)]
Relacione as propriedades disponíveis do mouse (substitua 10 por ID do seu mouse):
$ xinput list-props 10
Device 'Logitech USB-PS/2 Optical Mouse':
Device Enabled (136): 1
Coordinate Transformation Matrix (138): 1.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000
libinput Accel Speed (273): 0.000000
libinput Accel Speed Default (274): 0.000000
libinput Accel Profiles Available (275): 1, 1
libinput Accel Profile Enabled (276): 1, 0
libinput Accel Profile Enabled Default (277): 1, 0
libinput Natural Scrolling Enabled (278): 1
libinput Natural Scrolling Enabled Default (279): 0
libinput Send Events Modes Available (258): 1, 0
libinput Send Events Mode Enabled (259): 0, 0
libinput Send Events Mode Enabled Default (260): 0, 0
libinput Left Handed Enabled (280): 0
libinput Left Handed Enabled Default (281): 0
libinput Scroll Methods Available (282): 0, 0, 1
libinput Scroll Method Enabled (283): 0, 0, 0
libinput Scroll Method Enabled Default (284): 0, 0, 0
libinput Button Scrolling Button (285): 2
libinput Button Scrolling Button Default (286): 2
libinput Middle Emulation Enabled (287): 0
libinput Middle Emulation Enabled Default (288): 0
Device Node (261): "/dev/input/event2"
Device Product ID (262): 1133, 49215
libinput Drag Lock Buttons (289): <no items>
libinput Horizontal Scroll Enabled (290): 1
Como você pode ver, existe uma propriedade chamada "libinput Natural Scrolling Enabled" para meu mouse que tem o número 278 no meu caso.
Defina como 1 e a rolagem natural deve ser ativada (substitua 10 pelo ID do mouse e 278 pelo que realmente é o número da sua propriedade):
$ xinput set-prop 10 278 1