Abra o terminal:
sudo nano /usr/share/applications/vlc.desktop
Após Exec=
add:
/usr/bin/vlc --started-from-file %U
Se isso não funcionar, tente apenas com /usr/bin/vlc
. Último recurso você poderia usar a seguinte linha:
xterm -e "vlc"
Mas suponho que você queira evitar a dependência do terminal.