Para fazer com que o Google Chrome use o sistema, siga estas etapas.
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Abra o Chrome e clique no ícone do hambúrguer (configurações)
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Ir para a aparência.
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Selecione a opção "Usar tema do GTK +"
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Reinicie o Chrome
É isso.
Se você quiser que os botões funcionem também no modo janela, clique com o botão direito do mouse na barra superior da janela do Google Chrome e selecione a opção "usar barra de título e bordas do sistema".