A regra de limitação do udp usada não é específica, então você pode ter problemas com a sincronização do ntpd se o pacote vier imediatamente após outros pacotes udp não relacionados que causaram o acoplamento do limitador. Uma sugestão seria permitir especificamente a porta de origem 123:
iptables -A INPUT -i eth0 -p udp --sport 123 -m limit --limit 1/s --limit-burst 1000 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth0 -p udp -m limit --limit 1/s --limit-burst 1000 -j ACCEPT
Outra sugestão mais segura seria permitir apenas o pacote se for em resposta a uma solicitação iniciada por você (talvez seguida por sua regra original):
iptables -A INPUT -i eth0 -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT