Se você quer apenas esconder as coisas no menu, é bem fácil. Enquanto estiver logado como usuário cujo menu você deseja modificar, basta abrir o gerenciador de arquivos (pcmanfm) e clicar em Aplicativos na coluna da esquerda.
Você verá uma lista de ícones correspondentes às categorias de menu. Se você clicar duas vezes em uma categoria, verá ícones correspondentes aos aplicativos listados nessa categoria. Basta clicar com o botão direito do mouse no aplicativo que você deseja remover do menu e selecionar Ocultar no menu de contexto. Você pode fazer o mesmo com os ícones de nível superior e ocultar toda a categoria.
Se você não visualizar os Aplicativos listados na coluna esquerda do gerenciador de arquivos, selecione Editar / Preferências / Layout no menu do gerenciador de arquivos e marque a caixa ao lado de Aplicativos no título Mostrar nos Locais.
Você pode ter que fazer o usuário sair e voltar para ver as alterações.