O bug foi corrigido nas versões do MySQL Workbench 6.2.5 / 6.3.0. link
Uma solução possível era adicionar esse código ao início do arquivo /usr/bin/mysql-workbench
export GNOME_KEYRING_CONTROL=1
Esta correção funciona no meu Ubuntu 14.04 com a comunidade MySQL Workbench 6.2.4 de deb http://repo.mysql.com/apt/ubuntu/ trusty workbench-6.2