Eu tive essa mesma pergunta há algum tempo e como @xlinbsd disse, Touchegg parece ser o pacote mais recomendado para configurar gestos multitoque para o Magic Trackpad.
Agora que você conhece o Touchegg, há uma tonelada de recursos disponíveis explicando como usá-lo com o Magic Trackpad, por exemplo. aqui , aqui , aqui (se você acabou de pesquisar touchegg magic trackpad neste fórum você terá muitos resultados)
Se o touchegg não funcionar, vi outros pacotes recomendados, como libinputgestures
Boa sorte! Deixe-nos saber como isso funciona!