Estou vendo um problema semelhante em 16.04 LTS. Após cada un-suspender, meu monitor secundário irá desenhar trilhas piscantes de uma janela arrastando-a em cima, parecendo que estou pintando com a janela, mas piscando continuamente em intervalos ímpares.
Embora isso não seja uma correção permanente, depois de cada suspensão e login, eu tenho que fazer duas coisas. Primeiro devo ligar o monitor secundário (não sei por que ele desliga quando suspenso) e, em seguida, mover cada janela que estava anteriormente no segundo monitor e colocá-las no primário.
Os passos são (não acho que o pedido importe):
1) Ligue o segundo monitor.
- abra as configurações do Ubuntu
- escolha o módulo Configurações de exibição
- escolha o segundo monitor
- se estiver desativado, ative-o
2) Recupere os aplicativos na visualização
- selecione aplicativo oculto
- pressione Alt + barra de espaço
- no teclado, escolha Mover
- no menu de contexto, arraste o cursor do mouse para a janela principal na outra extremidade até que o aplicativo mostre
Honestamente, pode ser mais rápido desconectar e reconectar o cabo da tela, mas é uma segunda opção.
Há provavelmente uma solução melhor por aí. Eu ainda estou procurando.