O Pip precisa usar arquivos em seu diretório inicial, de propriedade do usuário atual , para executar e sudo para ser executado globalmente, o que altera seu usuário para o usuário raiz. O sinalizador -S de Sudo (mencionado na mensagem de erro) fará com que o sudo se comporte como se você ainda possuísse seu diretório pessoal.
TL; DR:
Faça sudo -H pip install cx_freeze
.