Como você mencionou que todas as portas funcionam no Windows, mas não no Ubuntu, talvez você possa tentar usar um kernel mais novo (A 16.04 / 16.10 LiveUSB fará) para ver se ele pode fazer outras portas funcionarem.
De qualquer forma, pelo menos parece que o seu ttyS0 está trabalhando com o comando echo / cat. A última coisa que posso sugerir é que se você ainda não conseguir qualquer sinal do seu dispositivo serial, tente usar o comando stty
para alterar a taxa de transmissão:
sudo stty -F /dev/ttyS0 # Print current setting
sudo stty -F /dev/ttyS0 9600 # Set the baud rate
9600 aqui deve ser substituído pela taxa de transmissão correta.
Mais informações sobre o comando stty podem ser encontradas aqui .