Na caixa padrão de Substituição ( Controle + H ) você pode usar um pouco de regex agrupado para lidar com isso:
- Pesquisar por:
.*\| (.*) \|.*
- Substituir por:
- Marque a caixa que tem "Corresponder como expressão regular"
Isto está no Gedit 3.10.4, a versão padrão no Ubuntu 14.04.