Eu tenho feito algumas pesquisas sobre isso. Parece que isso pode ser um bug reconhecido deve limpar pkgcache.bin. * E srcpkgcache.bin. *
Existem diferenças.
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Parece que executar o apt-get cria arquivos pkgcache.bin. [random] mas eu não corro todos os dias.
Esse problema começou espontaneamente.
Não consigo encontrar um comando que me permita identificar o programa que está criando esses arquivos, mas ele pode ser apenas o apt-get. Eu não sei o que está disparando o apt-get para rodar.
Eu vou consertar este problema executando o apt-get clean como um cron cron diário. É como pedir ao ladrão para vigiar a casa. Não é uma boa resposta porque não corrige a causa raiz.