Ok, então depois que fui guiado na direção certa pelo usuário muru (obrigado novamente!) consegui identificar o culpado:
Meu arquivo .vimrc usou a seguinte configuração
au FocusGained *: silent! !
que é comumente usado para reler / redesenhar o arquivo quando uma alteração externa foi feita e o vim recupera o foco. Eu ainda não entendo porque essa linha causou o problema, tudo que eu sei é que excluí-lo do meu .vimrc resolve meu problema.