Eu não acho que você esteja vendo fontes diferentes, mas na verdade apenas diferentes métodos de renderização da mesma fonte. Esse tipo de letra parece muito fino e fino porque não tem "insinuações" e parece que quando isso acontece, também não obtém precisão de subpixel para as suas fontes.
Acho que isso acontece porque às vezes, quando o sistema é inicializado, ele não vê a tela como um laptop ou, possivelmente, vê outro dispositivo de saída e desativa a renderização de subpixel.
Meu conselho é que, da próxima vez que isso acontecer, tente ir ao gerenciador de exibição e alterar sua resolução, na tentativa de dizer ao Ubuntu para localizar seus displays novamente. É possível que isso não ajude, porque a pilha de drivers já está carregada e comprometida em não renderizar sub-pixels, mas não tenho certeza.