Parece-me que é um problema com o Windows, que o Windows às vezes deixa a unidade em estado, o que não é bom. Eu suspeito que o Windows está hibernando ou usando inicialização rápida, que é um tipo de semi-hibernação, quando você desligá-lo. Mas quando você reinicia o Windows, não está fazendo nada disso, e os sistemas de arquivos estão limpos.
Sugiro que você verifique se esse é o problema e, se estiver, não use a hibernação e / ou desligue a inicialização rápida no Windows. Você pode encontrar vários links para tutoriais como desativá-lo, por exemplo, este:
www.tenforums.com/tutorials/4189-fast -startup-turn-off-windows-10-a.html