Eu costumava usar o isomaster, mas corri para essa questão. Agora eu adiciono coisas ao meu iso manualmente.
mkdir new_iso
mount -o loop iso_file.iso /mnt/
sudo cp -Rva /mnt/* new_iso
#Make your changes in the new_iso directory
sudo umount /mnt
cd new_iso
sudo mkisofs -D -r -V "ISO NAME" -cache-inodes -J -l -b isolinux/isolinux.bin -c isolinux/boot.cat -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table -o /home/USER/new.iso new_iso/