Um link simbólico é simplesmente um ponteiro para um arquivo. Nada é "sincronizado" neste tipo de configuração. Os links simbólicos são essencialmente o equivalente a janelas de um atalho.
Para o que você quer alcançar, acredito que você precise usar dois arquivos de configuração diferentes, um para Win e outro para Linux, cada um usando a resolução correta.
Por exemplo ... o arquivo de configuração do windows (vamos chamá-lo winStarBound.config) terá todas as configurações do jogo com a resolução definida para 1920x1080, a versão linux do arquivo de configuração (vamos chamá-lo de linuxStarBound.config) será exatamente o mesmo que o arquivo de configuração do windows, exceto que a resolução será definida como 1280x720 (ou o que for adequado).
Assumindo que o arquivo de configuração pode ser encontrado em uma pasta comum ao Win e ao Linux, você pode criar um script no Linux e no Win que seja algo como ...
Win - o arquivo em lote irá copiar o arquivo de configuração correto e iniciar o jogo)
Copiar winStarBound.config /path_to/starbound/starbound.config
Starbound.exe
Linux - o script copia o arquivo de configuração correto e inicia o jogo
cp linuxStarBound.config /path/to/starbound/starbound.config
./StarBound
Chame o script / arquivo em lote com o mesmo nome (ou seja, startStarBound), exceto nas janelas, a extensão será .bat e, no linux, será .sh. Desta forma, independentemente do sistema operacional do qual você esteja executando, você pode simplesmente digitar "startStarBound".
PS. Eu não sei como você está rodando a versão Linux do StarBound, cliente nativo, Steam, Wine então fizemos algumas suposições acima.