Tente definir esses parâmetros de inicialização, pois a ACPI e o APM geralmente podem ser problemáticos.
sudo -H gedit /etc/default/grub
para alterar
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash"
para
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash acpi=force apm=power_off"
salve o arquivo e saia do gedit.
Então, faça
sudo -H gedit /etc/modules
e adicione
apm power_off=1
e salve o arquivo. Então faça
sudo update-grub
e reinicie. Se isso não resolver o problema, registre o desligamento usando o smartphone em modo slo mo à la Ubuntu 16.04.1: desligamento / reinicialização em" [ok] parou o serviço de daemon térmico "