Depois de instalar o Acronis Backup 12 para Linux, desisti de ficar frustrado (depois de passar muito tempo com o suporte técnico na Índia).
Acabei decidindo por uma combinação de um clone manual usando o Clonezilla Live CD (que eu executaria periodicamente manualmente) e um backup rsync automatizado (diário) de todo o disco (com o cron).
Embora isso não seja tão bom quanto meu método antigo no Windows (TrueImage automatizado de todo o disco), acho que é bom o suficiente por enquanto. Eu sei que posso fazer um dd automático com o cron, mas muitas pessoas avisam contra fazer um backup do dd no sistema enquanto ele está rodando.