Eu tive o mesmo problema. Eu tinha um disco rígido USB que tinha alguns dados, mas tinha cerca de 80% de liberdade que eu queria usar para testar os CDs ao vivo. Mas o “Startup Disk Creator” só reconheceria o disco como um todo e queria que eu o apagasse, apesar de ter três partições (duas das quais eram vazias e sistemas de arquivos Ext).
Eu encontrei uma maneira de contornar isso no entanto. Eu usei o GParted para excluir e recriar as duas partições vazias, mas desta vez tornando-as partições FAT32 (o mesmo que a primeira partição) e também tornando-as duas partições primárias. Depois que isso foi feito, o Criador de disco de inicialização reconheceu todas as três partições e eu consegui usar uma delas para criar um disco de inicialização, mantendo meu conteúdo na primeira partição. Não sei por que isso funcionou, mas aconteceu.
Espero que isso seja de ajuda para as pessoas.