ubuntu-desktop é um pacote minúsculo muito pequeno; contém apenas dois arquivos, /usr/share/doc/ubuntu-desktop/changelog.gz e /usr/share/doc/ubuntu-desktop/copyright . O que tem são dependências ; depende de um monte de pacotes, que juntos constituem o desktop do Ubuntu. Se você remover ubuntu-desktop , esses muitos pacotes se tornarão "não mais necessários", ou seja, no que diz respeito ao gerenciador de pacotes, eles não terão mais um motivo para estar presentes. O que eles realmente não farão: eles estão lá para satisfazer as dependências de ubuntu-desktop .
Para marcar um ou mais pacotes como instalados manualmente, você pode usar apt-mark . Para responder a sua pergunta específica, você sempre pode obter a lista de pacotes que apt-get lhe diz que depois de remover ubuntu-desktop não será mais necessário, e alimente-o a apt-mark para marcá-los como instalados manualmente.