Desde que você removeu o disco do Windows quando instalou o Ubuntu, o carregador de inicialização GRUB foi configurado para inicializar a partir do disco nº 1 (o único disco da máquina no momento).
Agora, você conectou os dois discos (o Windows é o número 1, o Linux é o número 2) e disse ao BIOS para inicializar o disco do Linux. O BIOS inicia o GRUB, o GRUB procura seus arquivos no disco 1, exceto que eles estão agora no disco # 2. O GRUB não encontra os arquivos e falha.