Apenas tive um problema semelhante quando atualizei de 16.04 para 16.10. Meu tema não era compatível com o GTK3. Acabou mudando para link e funciona bem.
Eu atualizei do Lubuntu 16.04 para o Lubuntu 16.10. Agora os elementos GTK no gráfico estão com problemas, como o menu de sessão do LightDM, nm-applet, transmission-gtk ...
EstaéabarradeferramentasTransmissão(emitaliano):todososelementosestãopróximose"planos".
Este é o Instalador do Pacote GDEBI. Como você pode ver, o gráfico dos elementos está bagunçado.
Alguns deles, como o nm-applet, funcionam normalmente se eu usar o LXQt Desktop Environment, mas no Lubuntu / LXDE eles não estão indo bem.
Apenas tive um problema semelhante quando atualizei de 16.04 para 16.10. Meu tema não era compatível com o GTK3. Acabou mudando para link e funciona bem.