Então, não tenho certeza se isso é exatamente o que você quer fazer, mas estou com o mesmo problema, então recorri ao CLI:
certutil -d sql:$HOME/.pki/nssdb -A -t "C,," -n <certificate nickname> -i <certificate filename>
Certifique-se de ter o libnss3-tools instalado
sudo apt-get install libnss3-tools
Isso funcionou como um encanto para mim. Ele não resolve o problema da GUI, mas pelo menos eu não preciso verificar cada um dos sites internos baseados em CA da minha empresa.
Para o registro, recebi as informações de aqui .