De acordo com a documentação oficial em: link
The nameserver to fetch time for timedatectl and timesyncd from can be specified in /etc/systemd/timesyncd.conf and with flexible additional config files in /etc/systemd/timesyncd.conf.d/.
Eu sei que existem instruções para instalar o NTP completo, mas prefiro alterar o servidor padrão na implementação padrão. Esta questão surgiu antes para 12.04 LTS, no entanto a resposta lá:
edit the value of NTPSERVERS in /etc/default/ntpdate
parece não ser mais válido.
O Ubuntu 16.04 usa por padrão o servidor ntp.ubuntu.com [ referência ].
Para alterar o servidor padrão, edite o arquivo de configuração com um editor:
sudo vi /etc/systemd/timesyncd.conf
Descomente a linha NPT= e defina o servidor que você deseja usar em vez de padrão:
[Time]
NTP=some.ntp.server.com
Para "auditar" os eventos de sincronização de horário e verificar o servidor que foi contatado, use o seguinte comando:
cat /var/log/syslog | grep systemd-timesyncd