A linha
/bin/sh: 1: /usr/local/cuda: Permission denied
Sugere que seu problema está nas permissões configuradas incorretamente para o diretório /usr/local/cuda
. Você parece tentar executá-lo, como se fosse um arquivo de comando. O que você mais deseja é executar /usr/local/cuda/bin/nvcc
.
Edite seu makefile para que o comando CUDA leia /usr/local/cuda/bin/nvcc
(note que não há espaço entre "cuda" e "bin") e tente novamente.