Clonando os atuais arquivos iso LTS do Ubuntu Server 16.04.1 com dd funciona para mim. Mas eu uso mkusb ou mkusb-nox para envolver um cinto de segurança em torno desse poderoso mas perigoso dd ferramenta.
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Talvez a versão original do 16.04 seja ruim. Mas 16.04.1 (a primeira versão pontual) é depurada e polida.
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Talvez o seu download {was / is /} seja ruim. Por favor, verifique o md5sum (ou obtenha uma nova cópia via torrent, que verifica o md5sum automaticamente).
d2d939ca0e65816790375f6826e4032f *ubuntu-16.04.1-server-amd64.iso 455206c599c25d6a576ba23ca906741a *ubuntu-16.04.1-server-i386.iso
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Se você quer um sistema instalado no seu stick USB , sugiro que tente de acordo com o seguinte link,