Eu tenho esse problema após a atualização para o Ubuntu 16.10
Assim que eu executo TODOS os arquivos de vídeo (no navegador ou apenas no HDD), todos os dispositivos USB desligam instantaneamente até a reinicialização (o PC não congela, porque quando pressiono o botão de desligamento, o menu aparece.
/var/log/kernel.log mostra milhares destas linhas:
kernel: [ 681.844553] AMD-Vi: Event logged [IO_PAGE_FAULT device=00:12.0 domain=0x0006 address=0x0000000000000080 flags=0x0020]
Não consigo mostrar dmesg output porque não posso fazer nada até a reinicialização.
No mesmo computador eu tenho o openSUSE e o Windows 8.1, funcionando bem.
Consegui resolver um problema semelhante (no meu caso, com uma placa de som usb que se desconectaria depois de trabalhar por alguns segundos, somando a porta à qual ela estava conectada) instalando um kernel mais atualizado:
4.9.0-040900rc3-generic
Eu simplesmente baixei o arquivo .deb da minha arquitetura de link e o instalei com o software atualizador.
Após a reinicialização, o dispositivo usb voltou ao seu comportamento normal.