O software Ubuntu (e o antigo centro de software) geralmente usa apt para ele pacotes e serve apenas como uma interface gráfica para a mesma coisa que você pode fazer com o apt-get. Qualquer pacote no sistema pode potencialmente ter regressões (bugs que podem causar problemas) ou problemas de segurança, embora estes sejam frequentemente corrigidos ao longo do tempo. É por essas duas razões pelas quais você recebe atualizações, e ainda mais importante por que você deve sempre executar uma versão suportada do Ubuntu e mantê-lo atualizado (se a segurança e a estabilidade forem prioritárias para você). Não deixe que isso o preocupe, porém, isso é o mesmo com quase todos os sistemas operacionais e certamente não está limitado a sistemas operacionais Linux como o Ubuntu.
Além disso, às vezes, quando você navega na Web, fica tentado a configurar um PPA ou adicionar um repositório. Sempre que você estiver adicionando repos que não são suportados ou mantidos pelo Ubuntu, você corre o risco de derrubar pacotes que não são considerados "seguros", já que a versão mais recente de um pacote específico sempre será retirada de qualquer repo, a menos que seja preso ou o pacote é mantido. Esses pacotes podem ficar sem manutenção e ter vulnerabilidades de segurança, ou ter regressões que podem quebrar o sistema.
Claro, se você está usando apenas o Ubuntu e não está fazendo o acima, então você estará tão seguro quanto qualquer outro usuário do Ubuntu, então se divirta e sinta-se à vontade para usar o Ubuntu Software / Ubuntu Software Center com a mesma frequência. você quer.