Como eu testei o pacote de construção (não o instalei), a nova maneira, que está documentada no Debian, funciona bem:
#! /usr/bin/make -f
#export DH_VERBOSE = 1
export PYBUILD_NAME = blockify
%:
dh $@ --with python2,python3 --buildsystem=pybuild
Referência: Debian Embalagem: Python LibraryStyleGuide