Não use o link inseguro postado acima. Eu instalei sem problemas, seguindo as instruções no site de downloads mkvtoolnix olhando na área de downloads e selecionando o Ubuntu.
Basta abrir um terminal, (cntrl + shift + t ou search in dash)
importe a chave gpg digitando: wget -q -O - https://mkvtoolnix.download/gpg-pub-moritzbunkus.txt | sudo apt-key add -
Executar uma atualização: sudo apt-get update
então execute sudo apt-get install mkvtoolnix mkvtoolnix-gui
O programa pode ser encontrado em traço depois.