Isso é bastante simples de consertar, tudo que você precisa fazer é atualizar o cache de pacotes, você pode fazer isso indo para o "Software e atualizações" e fazendo qualquer pequena alteração, se você não sabe o que fazer apenas desmarque algo, digite sua senha e verifique novamente, você será solicitado a recarregar seus pacotes. Uma vez feito isso, você poderá usar o Synaptic como normal novamente!