As configurações de cor nas Configurações do Sistema Kde são fornecidas por plasma-desktop-data package. Você precisa instalar aquele para ter as configurações mostradas lá.
sudo apt-get install plasma-desktop-data
Este pacote fornece configurações de cor, assim como muitas outras, como Fonte , Ícones , Área de trabalho , Comportamento da área de trabalho , Atalhos etc. Parece que não há pacote mínimo para apenas fornecer a capacidade de alteração de configurações de cores.
