Há alguns anos, eu diria ficar com ext3 , mas hoje em dia ext4 é melhor. Uma rodada recente (16 de maio de 2011) do thegeekstuff.com resume bastante bem :
- Suporta um tamanho de arquivo individual enorme e o tamanho geral do sistema de arquivos.
- O tamanho máximo do arquivo individual pode ser de 16 GB a 16 TB
- O tamanho máximo do sistema de arquivos ext4 é 1 EB (exabyte). 1 EB = 1024 PB (petabyte). 1 PB = 1024 TB (terabyte).
- O diretório pode conter no máximo 64.000 subdiretórios (em oposição a 32.000 no ext3)
- Você também pode montar um ext3 existente como ext4 fs (sem precisar atualizá-lo).
- Vários outros novos recursos são introduzidos no ext4: alocação multibloco, alocação atrasada, soma de verificação de diário. Tudo que você precisa saber é que esses novos recursos melhoraram o desempenho e a confiabilidade do sistema de arquivos em comparação com o ext3.
- No ext4, você também tem a opção de desativar o recurso de registro no diário.
Uma comparação muito boa de 2009 em linuxologist.com tem um gráfico sobre o desempenho de gravação com 4Gb:
e também tem alguma outra informação sobre ext4.
Eu mesmo tive zero problemas com o ext4.
Se você precisar compartilhar uma partição com o Windows, precisará de ext3 .
Eu mesmo desisti do Windows, então tenho tudo definido como ext4 e uso um pendrive para transferir dados para uma máquina Windows (principalmente no trabalho).
O que você pode fazer para uma configuração é o seguinte:
/ ext4 swap /home ext4 /datapartiton_with_windows ext3
Em seguida, você pode transformar a última em uma partição compartilhada para ambos os sistemas operacionais.