Na minha experiência, é porque existem aplicativos que possuem arquivos abertos. Uma maneira infalível de testar isso é fechar todos os aplicativos antes de desligar e reiniciar.
Ocasionalmente, ao reiniciar ou desligar (cerca de 1 de 5 vezes), o PC demora cerca de 1-2 minutos a reiniciar, em vez dos habituais 2-3 segundos.
Esta tela é exibida e continua carregando algo até que seja encerrada após um ou dois minutos.
Eu não tenho ideia do que está causando isso, inicialmente pensei que talvez sejam atualizações que estão sendo finalizadas. Mas isso acontece mesmo quando eu não instalei nada e é difícil identificar exatamente quando isso acontece.
Na minha experiência, é porque existem aplicativos que possuem arquivos abertos. Uma maneira infalível de testar isso é fechar todos os aplicativos antes de desligar e reiniciar.
Algumas outras pessoas descobriram que isso é causado pelo software CUPS (relacionado a impressoras remotas) aqui: Desligamento lento no Ubuntu 16.04 LTS (Parando o daemon térmico / ajuste de execução faz impressoras CUPS remotas)
Se esse for o problema para você também, a resposta curta é:
sudo systemctl disable cups-browsed.service