Nanne post é bem antigo:
instale sudo apt-get install ecryptfs-utils
Leia isto Como
É bem fácil:
sudo ecryptfs-migrate-home -u USER
e siga o processo.
Do link:
"Isso configurará o diretório inicial criptografado para o USUÁRIO e usará o rsync para fazer a migração. Extremamente importante, o USUÁRIO deve efetuar login antes da próxima reinicialização para concluir a migração . A chave de montagem gerada aleatoriamente do USER é armazenada temporariamente em memória até que eles façam o login, e o eCryptfs pega a chave e a criptografa com sua senha de montagem. "