catalina.home aponta para a localização da informação comum.
catalina.base aponta para o diretório onde todas as informações específicas instância são mantidas.
Então você tem 1 casa e pode ter mais de 1 base.
% bl0ck_qu0te%Se você tiver um tomcat, poderá defini-los com o mesmo valor, mas a boa prática sugeriria planejar com antecedência e mantê-los separados: você nunca sabe se precisa de mais de um tomcat. O Ubuntu começou a seguir essa maneira de pensar devido a ser mais lógico: facilita a execução de 2+ tomcats, mas não desativa a execução de 1 tomcat, em que configurá-los para o mesmo valor exigiria que todos editassem o valor base. Faz mais sentido mantê-los diferentes.
% bl0ck_qu0te%Permitir que mais de um tomcat seja executado ao mesmo tempo em que cada instância do tomcat possa ter seus próprios aplicativos.
% bl0ck_qu0te% A casa contém o binairy.
Base contém conf, logs, webapps, work e temp. 1 para cada instância do tomcat.