(Por algum motivo, o comentário não funciona: /)
Você terá que reformatar seu disco rígido para um sistema de arquivos que o linux possa usar.
O Gparted é uma ótima ferramenta para isso. Uma vez que você tenha inicializado em seu USB ao vivo, conecte-se à Internet, abra um terminal e digite "sudo apt-get install gparted" após a instalação concluída, basta digitar "sudo gparted" no terminal. Isso deve trazer um editor de parções, vá em frente e reformate a partição ntfs para ext4, clique em aplicar e você está acabado.
O editor de parções pode ser um pouco confuso no começo, então apenas use o google se você ficar preso.