De acordo com o usuário ducasse no #ubuntu do freenode IRC, o que estamos vendo é chamado de decoração do lado do cliente pelos desenvolvedores do Gnome, e oculta o gerenciador de janelas barra e substitui-lo com algo dentro do próprio Gedit. Portanto, nenhuma quantidade de configuração do GTK ajudará nesse caso.
Outras pessoas também não gostaram dessa mudança súbita. Então, alguém postou uma maneira de fazer o downgrade do Gedit para uma versão anterior antes desta mudança radical aqui:
Outra alternativa, no entanto, é um pouco mais difícil de instalar, com um método do Github que permite personalizar a versão existente: