Eu tenho o Mac OS X El Capitan e Ubuntu 16.04 instalado no meu iMac 27 "(final de 2012). Não há problema em conectar meu teclado bluetooth e trackpad no Ubuntu. Eu posso reiniciar no Ubuntu várias vezes. Ainda funciona bem no boot! No entanto, se eu iniciar o OS X, tenho que emparelhá-los novamente, e se eu reiniciar no Ubuntu, eles precisam ser reconectados novamente (eu faço isso com um mouse óptico USB). Muito preocupante.
A maioria dos mouse e teclado BT só pode ser emparelhado com um computador (um sistema operacional para ser específico) Eu tive o mesmo com Win / Ubuntu e MS Sculpt mouse
Você pode tentar usar a mesma chave, veja aqui Como posso evitar ter que emparelhar meu mouse bluetooth o tempo todo?