Unity não usa mais o gerenciador de janelas de metacidades. Ele usa seu próprio gerenciador de janelas para desenhar as barras de título. É por isso que essas chaves não funcionam no Unity. Mas eles ainda funcionam em outras sessões do gnome usando metacity como gnome-session-flashback.
As transparências das barras de título no Unity são controladas por Temas. Para personalizar a opacidade, você precisa personalizar o tema.