Bem, sempre o apt consegue instalar pacotes e suas dependências de uma maneira ordenada em ordem alfabética crescente. No entanto, se duas máquinas mostrarem instalações diferentes, parece duvidoso que, esteja você instalando os mesmos pacotes nas duas máquinas, e ambas as máquinas solicitem as mesmas dependências a serem instaladas. Tenho medo de que ambas as máquinas tenham diferenças nas dependências instaladas.