Eu tive exatamente o mesmo problema. Para resolvê-lo eu instalei o pavucontrol:
sudo apt-get install pavucontrol
Então eu abri (Super key e digite pavucontrol, depois entre) e na seção de entrada havia o microfone e estava funcionando. Então eu mudei os volumes para cima e pressionei o botão "set as fall-back" e então ele apareceu na opção de áudio. Desculpe meu mau inglês, espero que funcione para você.