Ao salvar uma página da Web completa no Firefox, Chrome etc. (onde um arquivo e uma pasta contendo muitos arquivos são criados), em uma partição NTFS, esses arquivos e essa pasta serão corrompidos e reportados como danificados no Windows. p>
Um Windows chkdsk é necessário para corrigi-lo (e excluir os arquivos incorretos).
Salvar arquivos individuais não parece causar problemas.
Este foi um problema anos atrás e recentemente aconteceu comigo novamente. Talvez não seja específico do Ubuntu, mas um problema do Linux em geral.