OK eu consertei, primeiramente usando uma iso diferente, usei o Ubuntu 14.04 ao invés do Ubuntu Mate 16.04. Embora o instalador tenha se comportado de maneira semelhante, ele não travou após a falha ao instalar o carregador de inicialização. Continuei a instalação sem instalar um gerenciador de inicialização e, em seguida, usei as instruções aqui Reparo de inicialização para instalar e executar o reparo de inicialização a partir do disco ao vivo. Isso deu certo e estou de volta com um Macbook Ubuntu!