cron trata % como novas linhas. Você precisa usar escape, ou seja, use \% para obter o literal % como usado em date .
Então você precisa:
date +"\%Y\%m\%d\%H\%M"
Ou você pode usar um script e usar todos os comandos do script e chamar o script em crontab .
De man 5 crontab :
Porcentagem de sinais (%) no comando, a menos que tenha escapado com barra invertida (\), será alterado para caracteres de nova linha e todos os dados após o primeiro % será enviado para o comando como entrada padrão. Não há como dividir uma única linha de comando em várias linhas, como o shell "\" à direita.