Eu tenho o USB 3 funcionando agora. Desativar o hardware IOMMU na UEFI e ativar o software IOMMU no grub é o que fez com que funcionasse. Para fazer isso, segui estas instruções: link
Antes de comprar mais placas da Gigabyte, ou de qualquer outro fabricante, vou descobrir quais delas têm IOMMUs totalmente funcionais, principalmente com relação ao USB 3.0, e considero apenas aquelas para compra.
Obrigado a todos pela ajuda:)