Se você der uma olhada nos arquivos instalados para cada pacote, verá que ambos podem existir no mesmo sistema, sem arquivos potencialmente sobrescritos ou nomes de arquivos duplicados:
1. ns2
/usr/bin/calcdest
/usr/bin/dec-tr-stat
/usr/bin/epa-tr-stat
/usr/bin/nlanr-tr-stat
/usr/bin/ns
/usr/bin/nse
/usr/bin/nstk
/usr/bin/setdest
/usr/bin/ucb-tr-stat
/usr/share/doc/ns2/README
/usr/share/doc/ns2/README.Debian
/usr/share/doc/ns2/TODO.html
/usr/share/doc/ns2/changelog.Debian.gz
/usr/share/doc/ns2/copyright
/usr/share/doc/ns2/release_steps.txt
/usr/share/lintian/overrides/ns2
/usr/share/man/man1/ns.1.gz
/usr/share/man/man1/nse.1.gz
/usr/share/man/man1/nstk.1.gz
2. ns3
/usr/bin/ns3.22-bench-packets
/usr/bin/ns3.22-bench-simulator
/usr/bin/ns3.22-print-introspected-doxygen
/usr/bin/ns3.22-raw-sock-creator
/usr/bin/ns3.22-tap-creator
/usr/bin/ns3.22-tap-device-creator
/usr/share/doc/ns3/README
/usr/share/doc/ns3/README.Debian
/usr/share/doc/ns3/RELEASE_NOTES.gz
/usr/share/doc/ns3/changelog.Debian.gz
/usr/share/doc/ns3/copyright
/usr/share/lintian/overrides/ns3
E eu executei uma instalação de teste de ambos no meu sistema Xenial Xerus:
sudo apt-get install ns2 ns3
com absolutamente não problemas de instalação ...
Referências: