Os repositórios principais do 13.04 provavelmente não serão atualizados para a última versão do Juno, agora que eles foram lançados , por razões explicadas em Por que os repositórios do Ubuntu não têm as últimas versões do software? . Se a equipe do Eclipse tiver um PPA com o Eclipse Juno, você poderá usá-lo.
Caso contrário, o software Eclipse mais recente precisará ser baixado e executado manualmente.
Talvez seja devolvido para o 13.04 (ou anterior), se o software estiver disponível na próxima versão do Ubuntu. Mas somente se alguém puder se certificar de que ele seja compilado e executado corretamente.