Então, depois de limpar os kernels antigos e olhar para os arquivos de configuração do grub, voltei ao google e encontrei um link que mencionava, de passagem, um erro semelhante - link
Configuration setting "snapshot_autoextend_percent" invalid. It's not part of any section.
Isso me apontou para vlm.
Descobri que executar comandos lvm, como pvdisplay, deu o mesmo erro (embora o comando tenha realmente funcionado):
Configuration setting "types" invalid. It's not part of any section.
Então eu dei uma olhada no meu arquivo etc / lvm / lvm.conf e a única linha com "tipos" foi:
types = [ "bcache", 16 ]
Comentei isso e agora posso executar o update-grub e o pvdisplay sem erros.
Se alguém puder esclarecer o que esta configuração faz e se eu precisar dela, por favor me avise. Certamente tudo parece funcionar perfeitamente ainda.